Senin, 12 Januari 2009

Review Tugas Jamur Bermanfaat:
Analisis Proteomik Verticillium albo-atrum

Oleh: Muhammad Akhid Syib'li

Layu verticillium adalah penyakit vaskuler yang disebabkan oleh patogen tular tanah (soil born disease) jamur Verticillium albo-atrum dan Verticillium dahliae. Isolat V. albo atrum memiliki kemampuan menginfeksi dan menyebar yang berbeda-beda sesuai dengan tingkat virulensinya, dengan menghasilkan gejala yang ringan atau yang mematikan. Maka dari itu, diperlukan suatu analisis yang lebih kompleks sehingga dapat diketahui lebih rinci mengenai jamur ini. Dalam penelitian ini digunakan pendekatan proteomik untuk mendapatkan informasi yang lebih banyak mengenai proses infeksi dan untuk mengidentifikasi hubungan protein terhadap infeksi dan dilakukan analisis simultan dari total protein pada dua dimensi gel poliakrilamida.

Peneltian ini kemudian menghasilkan rata-rata, 2645 terdeteksi oleh PG1 (660 valid) dan 2529 spot terdeteksi oleh PG2 (721 valid). Sebuah spot dikatakan valid jika spot ini menunjukkan setidaknya 9 replikasi gel (lebih dari 12) dan jika spot dapat melewati penyaringan kriteria. Terdapat 173 spot yang hanya ditunjukkan oleh PG1 pathotype dan 234 spot hanya ditemukan pada PG2 pathotype; 487 spot diobservasi dan ditemukan di kedua pathoptype.



Gambar 1. Filia pada Konidiospora Spesies Verticillium,
Setiap Filia Berisikan Massa Konidia (www.cals.ncsu.edu)

Sebenarnya pemanfaatan agen-agen hayati saat ini telah berkembang, dan pemanfaatannya cukup merebak di para peneliti untuk diobservasi lebih lanjut. Tetapi pada tingkat petani belum tersosialisasikan lebih luas, sehingga pemanfaatan agen-agen hayati dalam pengendalian di tingkat petani masih terbatas. Berdasarkan penelitian Hanson (2000) yang menggunakan Trichoderma virens saat perlakuan benih mampu menekan perkembangan penyakit tular tanah Verticillium albo-atrum pada tanaman kapas dengan signifikan.



Gambar 2 Miselium Trichoderma virens (http://genome.jgi-psf.org/img/trive.gif)


Daftar Pustaka

Mandelc, S., Radisek, S., Jamnik, P., Javornik, P. 2008. Proteomik Analysis of The Fungus Verticillium albo-atrum. University Ljubljana, Slovenia.
Hanson, L.E, 2000. Reduction of Verticillium Wilt Symptoms in Cotton Following Seed Treatment with Trichoderma virens. The Journal of Cotton Science 4:224-231
DeSavigny, T. 2008.Verticillium alboatrum (Online, http:// www. cals. ncsu. edu/ course/ pp728/ alboatrum/ Verticillium _albo -atrum. html, diakses 13 Januari 2009)
Anonymous. 2008. Trichoderma virens (Online, http://genome.jgi-psf.org/img/trive.gif, diakses 13 Januari 2009)

Minggu, 04 Januari 2009

January 4th Marks 5-year Anniversary of Mars Rover "Spirit"


Spirit
(Mars Exporation Rover-A, or MER-A), is the first of two rovers which are part of NASA's Mars Exploration Rover Mission. Today marks the 5-year anniversary of Spirit's successful landing on Mars. Of the hundreds of engineers and scientists who cheered at NASA's Jet Propulsion Laboratory in Pasadena, CA when Spirit landed safely on January 4th, 2004, - and 21 days later when its twin Opportunity (MER-B) followed suit - none predicted the team would still be operating both rovers in 2009.

The rovers were designed to perform extensive geological analysis of Martian rocks and planetary surface features, and over the past 5 years have made important discoveries about wet and violent environments on ancient Mars. They also have returned a quarter-million images, driven more than 21 kilometers (13 miles), climbed a mountain, descended into craters, struggled with sand traps and aging hardware, survived dust storms, and relayed more than 36 gigabytes of data via NASA's Mars Odyssey orbiter. To date, the rovers remain operational for new campaigns the team has planned for them.
"The American taxpayer was told three months for each rover was the prime mission plan," said Ed Weiler, associate administrator for NASA's Science Mission Directorate at NASA Headquarters in Washington. "The twins have worked almost 20 times that long. That's an extraordinary return of investment in these challenging budgetary times."

The rovers are incredibly resilient considering the extreme environment the hardware experiences every day. Occasional cleaning of dust from the rovers' solar panels by Martian wind has provided unanticipated aid to the vehicles' longevity. However, it is unreliable aid. Spirit has not had a good cleaning for more than 18 months. Dust-coated solar panels barely provided enough power for Spirit to survive its third southern-hemisphere winter, which ended in December.

In November 2008, a dust storm on Mars cut into the amount of sunlight reaching the solar array on Spirit to such a degree that the rover's energy output dropped to a critical level. The charge level of Spirit's batteries dropped so low, it risked triggering an automated "protective mode" where the rover would no longer be able to be controlled by sequences sent from the ground. Spirit's solar array produced only 89 watt hours of energy during the rover's 1,725th Martian day, which ended on Nov. 9. This was the lowest output by either Spirit or Opportunity in their nearly five years on Mars; and much less energy than rovers require to function each day.

Controllers cheered on November 13th when they finally received communication from Spirit via the Mars Odyssey. The dust storm cleared, but a coating of dust on Spirit's solar panels remained - reducing the rover's ability to generate electricity even on clear days. Only 30 percent of the light hitting the solar panels was able to get through the dust to the photovoltaic cells, down from 33 percent before the storm.

"This last winter was a squeaker for Spirit," said John Callas, JPL project manager for Spirit and Opportunity. "We just made it through."

With Spirit's energy rising for spring and summer, the team plans to drive the rover to a pair of destinations about 183 meters (200 yards) south of the site where Spirit spent most of 2008. One is a mound that might yield support for an interpretation that a plateau Spirit has studied since 2006, called Home Plate, is a remnant of a once more-extensive sheet of explosive volcanic material. The other destination is a house-size pit called Goddard.

"Goddard doesn't look like an impact crater," said Steve Squyres of Cornell University. Squyres is principal investigator for the rover science instruments. "We suspect it might be a volcanic
explosion crater, and that's something we haven't seen before."

Spirit has also provided some never-before-seen images. Below is the first color image taken by the panoramic camera on Spirit. It was the highest resolution image taken on the surface of another planet. The picture shown originally had a full size of 4,000 by 3,000 pixels.




Spirit also took the only photo of Earth from the surface of another planet in early March 2004:


Rabu, 31 Desember 2008

INTEGRITAS IBU PERTIWI DALAM
BINGKAI TARIF MURAH TELEKOMUNIKASI

Oleh: Muhammad Akhid Syib’li*)

Indonesia adalah Negara kepulauan terbesar di dunia, yang terdiri dari 17.508 pulau, sekitar 6000 di antaranya tidak berpenghuni, yang menyebar di sekitar khatulistiwa , dengan begitu Indonesia memiliki iklim yang tropis. Bila ditinjau berdasarkan koordinatnya Indonesia terletak pada 6°LU - 11°08'LS dan dari 95°'BB - 141°45'BT serta terletak di antara dua benua benua yaitu benua Asia dan benua Australia/Oseania. Wilayah negeri jamrud khatulistiwa ini terbentang sepanjang 3.977 mil di antara Samudra Hindia dan Samudra Pasifik dengan luas daratan Indonesia adalah 1.922.570 km² dan luas perairannya 3.257.483 km².

Kemudian, populasi masyarakat di Indonesia pada tahun 2006 sebesar 222 juta jiwa. 130 juta (lebih dari 50%) tinggal di Pulau Jawa yang merupakan pulau berpenduduk terbanyak sekaligus pulau dimana ibukota Jakarta berada. Sebagian besar (95%) penduduk Indonesia adalah bangsa Melayu, tetapi terdapat pula kelompok-kelompok suku Melanesia, Polinesia, dan Mikronesia terutama di Indonesia bagian Timur. Banyak penduduk Indonesia yang menyatakan dirinya sebagai bagian dari kelompok suku yang lebih spesifik, yang dibagi menurut bahasa dan asal daerah, misalnya Jawa, Sunda ataupun Batak.

Terbentang sangat luasnya Ibu Pertiwi dengan perbedaan-perbedaan bentukan geografisnya dari Sabang sampai Merauke inilah yang melahirkan berbagai suku, bahasa dan agama yang berbeda. Perbedaan geografis setiap daerah di negeri ini yang menimbulkan bentuk kebudayaan yang beragam. Budaya-budaya ini yang memunculkan ciri khas dari setiap daerah, menciptakan karakter-karakter yang bervariasi di dalam individu masyarakatnya. Indonesia memiliki sekitar 300 kelompok etnis, tiap etnis memiliki budaya yang berkembang selama berabad-abad, dipengaruhi oleh kebudayaan India, Arab, Cina, dan Eropa, termasuk kebudayaan sendiri yaitu Melayu. Karena itu, semboyan nasional Indonesia, "Bhinneka tunggal ika" ("Berbeda-beda tetapi tetap satu"), berarti keberagamanlah yang membentuk negara..

Dikatakan harus tunggal ika karena variasi yang ada menciptakan potensi yang besar. Berpotensi sebagai kekuatan yang besar dan kokoh karena sebuah integritas, serta kelemahan dan kerapuhan karena sebuah disintegritas. Kuncinya adalah komunikasi untuk kerukunan antar suku, agama, maupun daerah. Perbedaan geografis juga menjadi kendala tersendiri dalam melakukan komunikasi karena harus menempuh medan yang berat dan melelahkan sehingga sebuah informasi dapat datang selama berhari-hari.

Berdasarkan sejarah manusia, berkomunikasi bertujuan untuk membagi pengetahuan dan pengalaman. Bentuk umumnya berupa bahasa sinyal, bicara, tulisan, gerakan, dan penyiaran. Komunikasi dapat berupa interaktif, transaktif, bertujuan, atau tak bertujuan. Melalui komunikasi, sikap dan perasaan seseorang atau sekelompok orang dapat dipahami oleh pihak lain. Akan tetapi, komunikasi hanya akan efektif apabila pesan yang disampaikan dapat ditafsirkan sama oleh penerima pesan tersebut. Awal mulanya manusia, menggunakan sinyal-sinyal khusus sebagai tanda, seperti suara dan cahaya yang diberi pola, ataupun melalui surat, sehingga informasi yang diberikan membutuhkan waktu yang relatif lama untuk sampai pada pihak yang dituju. Dan karena ini pula kesalahpahaman dapat terjadi, kerukunan dapat pecah dan disintegrasi terjadi.

Kemudian perkembangan teknologi memberikan jawaban untuk mempermudah komunikasi manusia sampai pada belahan bumi manapun. Seperti melalui surat kabar yang dicetak secara luas, melalui peralatan elektronik seperti radio, televisi, telepon, internet dan mobilephone. Awal mulanya pun tarif yang digunakan cukup mahal dan hanya sebagian orang saja yang bisa menikmati fasilitas ini, dapat dikatakan spesial untuk orang-orang yang memiliki duit. Tapi di era tahun 2000-an asumsi ini telah berubah, sebagian besar masyarakat mampu mengakses fasilitas ini karena tarif telekomunikasinya yang murah, terutama tarif pulsa mobilephone. Selain murah fasilitas ini tergolong sangat praktis karena dapat dibawa kemana-mana dalam saku yang kecil. Masyarakat mendapatkan kebebasan dalam mengelola pulsa yang dibutuhkan berdasarkan budget masing-masing. Menurut Menteri Komunikasi dan Informatika (Menkominfo) Muhammad Nuh menyatakan bahwa tarif telekomunikasi untuk semua jenis layanan telepon akan turun antara 10 hingga 30 persen. Kutipan dari pernyataan Menkominfo dalam ANTARA News (09/01/08) adalah berikut ini:

Saya belum bisa secara pasti mengatakan (tentang turunnya tarif telekomunikasi), tapi berkisar antara 10-30 persen. kata Menkominfo usai pertemuan dengan jajaran Dirjen Postel dan BRTI (Badan Regulasi Telekomunikasi Indonesia) bersama komunitas telekomunikasi termasuk operator di kantor Indosat, Jakarta, Rabu. Nuh mengatakan tarif telekomunikasi dimungkinkan turun setelah pihak Dirjen Postel melakukan kajian terhadap tarif telekomunikasi dan biaya interkoneksi berdasarkan masukan dari para operator telekomunikasi. Nuh mengatakan Peraturan Menkominfo mengenai penetapan tarif interkoneksi tersebut diterbitkan paling lambat akhir Januari. "Saat ini (rancangan peraturan tarif telekomunikasi) tinggal finalisasi dan konfirmasi," kata dia. Menkominfo mengatakan pemerintah menginginkan tarif telekomunikasi bisa murah dan terjangkau oleh masyarakat tetapi juga tidak ingin operator telekomunikasi sampai merugi.

Dengan merujuk pada definisi komunikasi yang berarti suatu proses penyampaian informasi (pesan, ide, gagasan) dari satu pihak kepada pihak lain sehingga terjadi saling mempengaruhi diantara keduanya. Komunikasi dapat dilakukan dengan menggunakan kata-kata (lisan) yang dapat dimengerti oleh kedua belah pihak. Mobilephone yang saat ini memiliki tarif yang terjangkau menjadi sarana untuk saling memberikan pengaruh dan saling memberikan pengertian satu sama lain. Pertukaran informasi adat, budaya, dan segala sesutu yang baru dapat terungkap melalui percakapan diantara kedua individu yang berkomunikasi. Dengan adanya saling mengerti dan memahami kerukunan di setiap masyarakat dengan perbedaan-perbedaan kultur dapat selalu terjadi.

Adanya tarif murah telekomunikasi seharusnya juga semakin menggiatkan pemerintah, perusahaan, maupun masyarakat untuk lebih meningkatkan rasa integritas demi keutuhan Ibu Pertiwi Indonesia. Pemerintah dapat menjadi fasilitator agar semua pihak di berbagai wilayah di Indonesia dapat menjalin komunikasi satu sama lain tanpa terhalang perbedaan geografis yang mencolok. Pembangunan menara-menara telekomunikasi menjadi salah satu solusinya, komunikasi ini mengaburkan perbedaan dan memperlihatkan persamaan. Perbedaan dianggap sebagai sesuatu yang lumrah dan mesti ada. Persaudaraan karena sebangsa dan setanah airlah yang dikedepankan, sehingga integritas Ibu Pertiwi yang diharapkan dapat terwujud, Indonesia semakin kokoh dan intervensi-intervensi luar secara natural akan terdegradasi dan hilang. Dengan begitu harapan setiap insan di Indonesia mengenai intgritas melalui bingkai tarif murah telekomunikasi dapat tercipta dan selalu ada.

Minggu, 28 Desember 2008

TUGAS JAMUR BERMANFAAT:
ANALISIS PROTEOMIK Verticillium albo-atrum

PENDAHULUAN
Layu verticillium adalah penyakit vaskuler yang disebabkan oleh patogen tular tanah (soil born disease) jamur Verticillium albo-atrum dan Verticillium dahliae. Isolat V. albo atrum memiliki kemampuan menginfeksi dan menyebar yang berbeda-beda sesuai dengan tingkat virulensinya, dengan menghasilkan gejala yang ringan atau yang mematikan. Isolat-isolat tersebut dibedakan dengan mengunakan PG1 (untuk gejala yang ringan) atau PG2 (untuk gejala yang mematikan) untuk setiap tipe patogen (pathotype), hal ini didasarkan atas tes patogenesitas dan analisis AFLP. Penyebaran gejala mematikan di taman Savinja valley adalah ancaman serius terhadap produksi. Dari tahun 1997 hingga 2006, lebih dari 180 ha taman telah terinfeksi dan 90 ha hancur. Hal ini disebabkan oleh tidak efektifnya agen phytopharmaceutical, yang hanya efektif melawan penyakit dalam kondisi yang bersih dan ukuran yang higinis, saat rotasi tanaman, dan penanaman varietas tahan. Kami menggunakan pendekatan proteomik untuk mendapatkan informasi yang lebih banyak mengenai proses infeksi dan untuk mengidentifikasi hubungan protein terhadap infeksi. Analisis simultan dari total protein pada dua dimensi gel poliakrilamida.

Gambar 1. Miselium Verticillium albo-atrum


Gambar 2. Gejala layu Verticillium pada tanaman, jaringan vaskuler menjadi coklat(kiri), kemudian layu diseluruh bagian tanaman (kanan)

BAHAN DAN METODE
Verticillium albo-atrum ditumbuhkan dalam media jamur selama satu minggu dan miselium didapatkan melalui filtrasi. Protein diekstrasi berdasarkan metode Jamnik et al. dan konsentrasinya diukur dengan menggunakan reagen bradford. 450µg protein dipercepat, dengan diperlakukan dalam larutan rehidrasi dan diaplikasikan pada 13 cm IPG strips (pH 4-7) dengan proses rehidrasi. Setelah pemfokusan isoelektrik, strips diequalibrasikan dan diproses pada 12,5 % gel poliakrilamida. Setelah elektroforesis, gel diwarnai dengan coomassie briliant blue G-250. hal ini berdasarkan metode Neuhoff et al yang kemudian dipindai. Software dua dimensi digunakan untuk analisis gambar dan tes statistik. Empat teknik biologis dan tiga teknik replikasi dimasukkan dalam metode penelitian (untuk total 24 gel).

HASIL
Pemisahan protein berjalan dengan baik dan hanya terdapat beberapa spot dengan garis horizontal dan melintang. Kemampuan teknik-teknik replikasi diterapkan dengan sangat baik, sementara itu juga teknik biologis menunjukkan perbedaan yang minim. Rata-rata, 2645 terdeteksi oleh PG1 (660 valid) dan 2529 spot terdeteksi oleh PG2 (721 valid). Sebuah spot dikatakan valid jika spot ini menunjukkan setidaknya 9 replikasi gel (lebih dari 12) dan jika spot dapat melewati penyaringan kriteria. Terdapat 173 spot yang hanya ditunjukkan oleh PG1 pathotype dan 234 spot hanya ditemukan pada PG2 pathotype; 487 spot diobservasi dan ditemukan di kedua pathoptype. Faktor yang mempengaruhi dalam penelitian ini telah dipersiapkan, yang mana telah dihasilkan 64 spot yang secara signifikan lebih banyak terdapat pada PG1 pathotype dan 90 spot secara signifikan lebih banyak terdapat pada PG2 pethotype (p<0,05).>

Gambar 3. Representatif gambar 2-D Gels: PG1 (atas) dan PG2 (bawah). Spot yang dipilih untuk analisis MS ditandai dengan panah

KESIMPULAN
Elektroforesis dua dimensi suskes digunakan untuk memisahkan protein seluler dari Verticllium albo-atrum. Perbedaan signifikan antara PG1 dan PG2 pathotype telah diobservasi dan akan diinvestigasi lebih lanjut. Selanjutnya, media jamur yang umum dipakai akan diganti dengan medium simulated xylem fluid untuk menunjukkan ekspresi gen yang berhubungan langsung dengan ekspresi.


DAFTAR PUSTAKA
Radisek S., Jakse J., Simon& A., lavornik B., 2003. Characterization of Verticillium albo-atrum field isolates using pathogenicity data and AFLP analysis. Plant Disease 87: 633-638
Radigek S., 2006. Hmeljeva uvelost v slovenskih hmeljiscih. Ingtitut za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije
Jamnik P., Radisek S., Javornik B., Raspor P., 2006. 2-D separation of Verticillium albo-atrum proteins. Acta agriculturae Slovenica 87-2: 455-460
Neuhoff V., Stamm R., Eibl H., 1985. Clear background and highly sensitive protein staining with Coomassie Blue dyes in polyacrylamide gels: A systematic analysis. Electrophoresis 6*. 427-448